Les scientifiques identifient de nouveaux variants du coronavirus

Depuis que le variant SARS-CoV-2 connue sous le nom de B.1.617 a été détectée pour la première fois en Inde en fin 2020, il s’est répandue dans des dizaines d’autres pays – y compris les États-Unis, Singapour et le Royaume-Uni, où elle est devenue dominante dans certaines régions.

Les chercheurs ont depuis identifié trois sous-types, connus sous le nom de B.1.617.1 (le B.1.617 ‘original’), B.1.617.2 et B.1.617.3, chacun avec une constitution génétique légèrement différente.

Les chercheurs se précipitent maintenant pour enquêter sur ces variants et déterminer comment ils pourraient affecter la trajectoire de la pandémie. Ainsi, des questions clés demeurent sur la rapidité avec laquelle les variants peuvent se propager, leur potentiel à échapper à l’immunité et si elles provoquent une maladie plus grave.

Une grande partie de cette recherche confirme les cas de covid-19 et identifie les variants responsables des infections. Les scientifiques peuvent également tirer des enseignements des données de séquençage génomique, identifier les mutations présentes dans les sous-types B.1.617 et les comparer avec des mutations dans des variantes antérieures dont le comportement est mieux compris.

«Je regarde les mutations individuelles parce qu’elles ont chacune des propriétés individuelles qui, selon nous, pourraient conférer une plus grande transmissibilité», explique Julian Tang, virologue consultant à la Leicester Royal Infirmary, au Royaume-Uni. Une transmissibilité accrue – une mesure de la rapidité avec laquelle les variants peuvent se propager d’une personne à l’autre – pourrait accélérer le nombre de cas positif, ce qui pourrait exercer une pression accrue sur les systèmes de soins de santé et des contre-mesures telles que les programmes de vaccination. Par exemple, la variante B.1.617.2 a des mutations appelées 452R et 478K, qui, selon Julian Tang, sont toutes deux liées à une transmissibilité accrue. Les deux mutations modifient la protéine de pointe, que le virus utilise pour pénétrer dans les cellules humaines.

Les chercheurs ont également pu suivre rapidement la propagation de B.1.617.2 car son génome contient un marqueur qui manque au variant dominant B.1.1.7. La présence de ce marqueur – connu sous le nom de «cible du gène S» – peut être observée dans les résultats de certains des tests de PCR utilisés pour confirmer les cas de COVID-19, afin que les chercheurs puissent utiliser des résultats positifs pour la cible S comme proxy pour rapidement cartographier la propagation de B.1.617.2, sans avoir besoin de séquencer complètement les échantillons. Les tests du gène S et les données de séquençage plus détaillées des échantillons de virus britanniques indiquent que B.1.617.2 surpasse les deux autres sous-types B.1.617 et remplace B.1.1.7 – une variante identifiée dans le sud-est de l’Angleterre à la fin de 2020 – comme le variant le plus courant à l’origine de nouvelles infections dans le pays.